シリーズ第1作では、史上初のアカデミー賞(R)長編アニメーション賞を受賞、第2作では、長編アニメーション全世界歴代No.1ヒットの記録を打ち立てたシュレックシリーズから、待望の第3弾がついに到着！

幸せな新婚生活を送っていたシュレックとフィオナ姫。しかし父王ハロルドが病に倒れ、シュレックは王位継承者アーサーを探す旅に出る。旅立ちの瞬間、フィオナ姫に子供ができたことを告げられる。「オレが父親に！？」 気もそぞろのままたどりついたのは、魔法学校。なんとアーサーは、そこに通う軟弱な高校生だった！ 嫌がるアーサーを連れて帰るため、シュレックはあれこれと手をつくすハメに――。

一方、王国では、チャーミング王子がフック船長や魔女ら、おとぎ話の悪役たちをけしかけて王位を乗っ取ろうとしていた。フィオナ姫は、白雪姫・シンデレラ・眠れる森の美女たちと“パワー・プリンセス”を結成し迎え撃つ。おとぎの国の未来をかけた、史上空前のバトルが始まろうとしていた･･･。